Un fonctionnaire de métropole touchera 90% de son salaire brut en congé maladie ordinaire pendant 3 mois ainsi que 90% de ses primes et indemnités puis 50% de son traitement brut et de ses primes pendant 9 mois. Cela est issu de la loi de finance 2025-127 du 14 février 2025.
En congé longue maladie ou grave maladie un agent public de la métropole touchera 100% de son traitement indiciaire pendant un an (grevé de 11,09 % de cotisation), puis 60% pendant les 2eme et 3eme années, ses primes seront perçues à 33% la première année et 60% les deux années suivantes.
Un fonctionnaire affecté dans un DOM perçoit une majoration de traitement de 40% en raison des conditions économiques de son exercice. En situation de congé longue maladie, il perçoit donc 100 % de ce traitement brut (grevé de 11,09 % de cotisation comme en métropole) mais majoré de 40% du salaire brut sans cotisations, soit un net de 124,47% de ce salaire brut la première année de CLM.
Désormais, selon la FAQ de la DGAFP, ce fonctionnaire d'un DOM ne touchera plus que 100 % de son brut amputé de 11,09 % de cotisations, mais majoré seulement de 33% des 40% de ce salaire brut, soit une majoration de 13,2 % du salaire brut total, pour un net de 100,65 % du salaire brut.
Selon que l'on considère que la majoration de traitement est ou non une « indemnité », le fonctionnaire d'un DOM quand il est malade verra son traitement principal passer de 124,47% à 100,65% du salaire brut, soit une diminution de près de 20% de son traitement alors que le fonctionnaire de la métropole verra son traitement rester à 100%. Où est l'erreur ?
Or la DGAFP a justement choisi de considérer que la majoration de traitement instituée par la loi n° 50-407 codifiée dans l'article L 741-1 du code général de la fonction publique de même que les dispositions du décret n° 53-1266 qui instaurent un complément à cette majoration appartiennent au régime des « primes et indemnités ».
La DGAFP a donc choisi de frapper lourdement les DROM en pénalisant les agents publics d'Outre-mer malades. Après le scandale du Chlordécone, il était difficile de présenter cette version des choses frontalement. Le louvoiement institutionnel de même que les décisions individuelles unilatérales brutales et humiliantes à l'encontre des agents a été le mode d'action choisi.
Tout d'abord des décisions individuelles unilatérales ont paru à l'encontre d'agents en CLM avec injonctions de remboursements dès le mois d'octobre 2025. Parallèlement un point à l'ordre du jour du CSA du 4 septembre 2025 a été rajouté de même qu'un document de 4 pages, document qui promettait une publication sur le site académique non faite à ce jour.
Ce document présenté en CSA n'a actuellement aucune valeur puisqu'en vertu des articles R 254-13, 254-63 et R 254-73 du code général de la fonction publique, il n'a fait l'objet d'aucune publication de procès verbal et que concernant la publication de textes relevant de R 253-1, une nouvelle délibération en cas de vote unanime contre doit être convoquée dans une délai de 30 jours.
Concernant le nœud du problème, à savoir si l'assimilation de la majoration de traitement à une indemnité est légale ou non ou si la discrimination faite aux agents de l'Outre-mer est constitutionnelle ou non, et plutôt même si elle est conventionnelle ou non, le SNCL répond a priori NON et s'engagera aux côtés des agents.